戦国の世、『異能』を操る三人の若き頭、左源、真源、右源は、皆より『神に選ばれし者』と呼ばれ、『匠』と呼ばれていた。三人の匠を統率するのが、一国一城の主、両國国貞。両國は三人の匠を巧みに操り戦国大名へと駆け上がっていくが、ある時その力を恐れた時の将軍は三人の匠を離散させるように命じた。ひとりは、侍となり城を与えられ、ひとりは、僧侶となり寺院を与えられ、最後のひとりは、唯一、忍者としての存続を認められた。ある夜、両國は両國家に代々伝わる三本の巻物『伝承の文書』を左源、真源、右源の三人へ渡すが、城を沢山の軍勢が取り囲んでいるのを察知した両國は三人の匠に城から逃げるように伝える。城から火柱が上がる光景を眼下に三人の匠たちはそれぞれの道を歩き出す。時は流れ、匠たちの継承者たちは、互いの関係性を忘れ、新たな勢力図の構築を始めるていく……そして、時代は江戸時代へと移っていくのだが……。