時に大正12年(1923)9月1日。帝都東京は未曾有の大災害に見舞われた。 多くの被害を出した震災から二月、復興の槌音響く霜月。 突如として帝都に数多の怪現象が発生する。 それは過去に妖怪・幽霊と呼ばれたものとは違い、物的・人的被害が多数発生。 実戦経験のある帝国陸軍の精兵が動員されたが、通常の兵器では対処出来なかった。 事態を重く見た帝国政府はその現象を”怪異”と呼称。 宮内省に専門の部署を秘密裏に設立した。 表向きは東京帝室博物館整頓課と言う閑職だが、実際に怪異と戦いこれを殲滅するための部署である。 陰陽道宗家、土御門家から派遣された土御門晴仁(つちみかど・はるひと)の指揮の下、怪異の殲滅を目指すため小野俊達は今日も戦うのである。