『黄金の夜明け』から十年、世界は穏やかな平和を謳歌していた。だが、その裏側で、過去の死者の魂がネットワーク上に“幽霊”として憑依する、デジタル心霊現象『残響（レジデュアル）』が頻発し始める。 　伝説の調停者ユキの「繋ぐ」力では、憎悪に凝り固まった残響は浄化できない。世界の希望は、彼の唯一の弟子、アサヒに託された。魂を強制的に「書き換える」銀色の力を持つ、傲慢で未熟な天才。 　師のやり方とは違う、荒々しい力で残響を祓っていくアサヒだったが、やがて、何者かがこれらの“幽霊”を集め、世界を再び混沌に陥れようとしている巨大な陰謀に気づく。