東京を中心に、各小中学校の校庭に【６６６】と机が並べられる事件が多発した。やがて風魔の小次郎が唱えた予言がネットを席巻した。『令和６年６月６日に地球は破滅する』。果たして甲賀のくノ一咲耶と伊賀野藤丸は地球破滅を阻止することができるのか。