「魔法（神術）が効かない？ なら、物理で貫くだけだ」 西暦2092年。人類は謎の機械生命体「ヴォイド」に追われ、巨大な防衛都市での生活を余儀なくされていた。 かつて「神話の国」と呼ばれた島根県・出雲もまた、要塞都市『IZUMO』へと変貌を遂げている。 その中心にある「国立出雲神機工科高校」。 そこは、魔法の力でパワードスーツ『神機（ジンキ）』を操る「騎士科（ナイト）」が支配し、魔法を使えない「工匠科（スミス）」が隷属する完全階級社会だった。 工匠科に入学した少年・黒鉄クロウは、魔法適性ゼロの「Fランク落ちこぼれ」として蔑まれる。 だが、誰も知らない。 彼がかつて、単身で戦場を生き抜いた伝説の少年傭兵であり、失われた「旧文明の物理兵器（対物ライフル・パイルバンカー）」と「神のハッキング技術」を操る、世界で唯一の「特異点（シンギュラリティ）」であることを。