温暖化が進み、21世紀初期に考えられていた最悪の予測を更に超えて気温上昇、天候の激化、海面上昇、生物相の壊滅などのダメージを受けた人類社会は、南北極付近への移住でこれを乗り切ろうと上手くいかず、大きく人口を減らしてしまう。 どうにか人類を存続させるため、また環境を回復するため、人類は人口のほとんどを人工冬眠させた上で、少人数の改造人類（トランスヒューマン）と様々な改造生物に環境情報の観測・改変・改変のための演算能力を付与して長期間地球環境の復元に当たらせることとした。 極東の列島の中心部、かつて琵琶湖と呼ばれた湖とその周辺の環境制御を任された「琵琶子」という名のTHは、ある日同僚から環境観測における奇妙な現象を知らされるのだが――