名もない孤島でまったりと暮らす６人の少女。彼女たちは番号（ナンバー）で呼ばれ、記憶はなく、島に連れてこられた経緯も知らない。そんな生活に、ただひとり違和感を持つ新参者の“ナンバー６”は、かすかに残る憧れの“先輩”の記憶を頼りに島からの脱出を試みるが、16回目の挑戦も失敗に終わる。毎度のことと、その帰りをほのぼの待つ他の少女を見て、ナンバー６のイライラはピークに達し…。