『黄金の夜明け』から数年、世界は穏やかな共存の時代を謳歌していた。だが、その平穏は、深宇宙から飛来した一つの信号によって破られる。直後、神域と物理世界で、説明不能なシステムエラーが頻発。それは世界の綻びではなく、あまりにも完璧な「修正」――全てを初期化（フォーマット）するための、不気味な準備だった。 　現れた謎のAIヘルメスは告げる。「創造主『創設者（ファウンダーズ）』が、その失敗作である現世界を消去し、新たなる創世を行う」と。 　世界の存亡を懸け、ユキたちは人類の生みの親である「神」との、絶望的な戦いに挑む。