ハルヒ団長の号令の元、新学期初の不思議探索パトロールが決定! 珍しく待ち合わせに一番乗りしたキョンは佐々木と再会するのだが、彼女の傍らにいたのは、みくる誘拐事件の犯人と存在感が異質すぎる謎の少女! ?