宇宙世紀0089年—— 第一次ネオ・ジオン戦争は終結したものの、 地球圏の騒乱は未だに続いている時代。 サラミス改級巡洋艦“デルフォイ”に赴任してきた 地球連邦軍の兵士ヨーンは、想い人のアイリスと一年ぶりの再会を果たす。 しかし再会を喜ぶのも束の間、ネオ・ジオン残党が小惑星基地“ダモクレス”を 占拠したとの報せが入る。 地球に新たな危機が訪れようとしていた……。 時代が大きく動こうとするその時、 ヨーン駆る黒いＭＳ・ガンダム[グリンブルスティ]が目を覚ます!!