その日、少女は空から落ちてきた。 現実世界で「自分はいてもいなくても変わらない透明人間だ」と感じていた女子高生・室賀灯里（むろが あかり）が目覚めたのは、蒸気と煤煙、そして青白い「星石」の輝きに満ちた機械都市クランベル。 彼女を拾ったのは、口は悪いが腕は超一流の偏屈な天才技師、ロイド・アークライトだった。 「屋根の修理費、体で払ってもらうぞ。……今日からお前は助手だ」 なし崩し的に始まった借金返済の工房生活。しかし、灯里にはこの世界でただ一人、星石の「悲鳴」を聞き分けることができる《共鳴》の力があった。 その力はやがて、遺跡の奥で眠っていた記憶喪失の少女セレーネを目覚めさせ、灯里たちを帝国の陰謀、そして星の寿命を巡る世界の真実へと巻き込んでいく。 「お前は無力じゃない。俺の最高の相棒だ」 父の幻影を追う技師と、居場所を探す少女。二人がガラクタを集めて鋼鉄の翼を広げた時、滅びゆく世界を書き換える、奇跡の共鳴が響き渡る。