時は大正。文明開化が進み、街が夜でも明るく賑わう時代。しかし、その向こうには、まだ濃く暗い“闇”があったーー 　帝都で暮らしている十七歳の冴木由宇は、わけあって男装をしている少女。彼女は夜な夜な帝都を駆け、愛刀「夜桜」で人にあだなす妖たちを斬っていた。 　ある日、街で軍人の青年に声をかけられた由宇は、表向き秘された対人外の部署に連れていかれる。そこで協力を依頼された由宇は、軍人の青年・天清と組むことに……