世界が崩壊の危機に瀕する中、辺境の村に暮らす17歳の少年ユーリは、森の奥で光る苗木を発見する。それは千年に一度芽吹くという伝説の「世界樹」の苗木だった。 世界樹は「純粋な愛」だけで育ち、育成者は一人でなければならない。秘密を誰かと共有すれば、苗木は力を失ってしまう。 ユーリは病で死にかけている妹ヒカリを救うため、そして世界を救うために、孤独に苗木を育て始める。しかし世界樹は育成者の生命力を吸収し、ユーリの体は日に日に衰弱していく。 毎日森に通うユーリを、村人たちは「現実逃避している」「村を裏切っている」と非難する。真実を語れないユーリは孤立を深めていく。 そんな中、世界樹伝説を研究する学者ビビが村を訪れ、ユーリの秘密に気づく。彼女の優しさに触れながらも、ユーリは一人で使命を背負い続ける。 世界の崩壊が加速し、ヒカリの容態も悪化する中、ユーリは究極の選択を迫られる。妹の最期に寄り添うか、世界樹の育成を続けるか。