魔法と魔物が世界を支配する時代。 大陸が春桜・夏波・秋月・冬嶺の4つの地方に分けられ、各地方に魔術学園が創立された。 そのうちの1つ――春桜魔術学園に入学した柳 総一郎は、魔物に家族を殺された過去を持ち、一人前の魔法術師を目指す少年だ。 学園で配属されたのは、とある問題児を隔離するための部隊――第零部隊。 そこで総一郎は、問題児であり、六つの属性魔法を操る異端の存在、千種蓮と出会う。 実力不足で未完成の自分と世界最高峰の魔法を操る蓮。 同じ戦場に立ちながら、二人の間には決定的な隔たりがあった。 これは、未完成の総一郎が"魔法術師とはどうある者なのか"を学び続け、 六色の魔法使いが"魔法術師とは何を成す者なのか"を知る物語。