世界を支える巨大な世界樹。そのマナを略奪する機械天体。 しがない技師のカイトは、目の前で幼馴染のエリスを機械兵に奪われ、絶望の中で世界の「並行世界」に飛び込んだ。 目覚めた先は、自分が死に、世界が滅びかけた――並行世界。 そしてカイトの魂が宿ったのは、かつての自分を殺した敵の王、魔王『黒騎士ゼギオン』の鋼鉄の身体だった。 「出力じゃない、使い方が違うんだよ。――演算開始（スタートアップ）」 魔王の圧倒的スペックに、カイトの「技師の知能」が同期する。 管理者さえ予期せぬフルハックにより、漆黒の魔王は「神を殺すための復讐機」へと最適化されていく。 目の前には、自分を憎み、復讐に燃える「この世界のエリス」。 背後には、元の世界で「資源」として消えたはずのエリスからの、届くはずのない通信。 二人のエリス。二つの世界。 最強の身体を奪い取った一人の男が、絶望に満ちた運命書き換える……。