世界を恐怖と混沌の渦に陥れた”黒き煌きの魔女”、シャリオが征伐されて七〇年。 人々は魔女シャリオが死に際に世界に放った瘴気、その凝集体である「魔女の血球」及び「魔女の臓物」になおも脅かされていた。 しかし、人類とてただ指をくわえて滅びを待っているわけではない。 魔女の血球や臓物を退ける「魔奏」を放つ特殊な武具「魔奏器」と、それを操る少年少女を育成する学校を各地に設立。人類は、死後遺された魔女の脅威に対抗する手段を得たのだ。 この物語は、そんな魔奏を学ぶ学校の一つ「聖ロアノール音楽学院」に通う一人の女子生徒、サチ・ホシノが学院最強の魔奏楽団「NIGHT RAVEN」に命を救われるところから始まる物語である。