平凡な高校生・相沢勇人は、ある朝、突如現れた光の輪に飲み込まれ姿を消した。唯一真実を追おうとする親友。中村翔平は、未来から来た青年レオンハルトと出会い、やがて人類と機械人間（メコルダリス）の未来を左右する存在「プロトタイプ」をめぐる戦いへと巻き込まれていく。
街に潜む陰謀、世論、政府ーー失われゆく時を繋ぐため、彼らは命を懸けて立ち向かう。