2054年の月下事象で対策本部にて活躍した頼加美紗和は、3年後POD本社AI開発事業部に異動となる。
新部署での仕事は、第５世代AI開発。AIアルゴリズムの揺らぎを瞬時に判断して、新アルゴリズムを作り上げる能力に長けた彼女は、ルチアと呼ばれるAIヒューマノイドの育成にあたる。
量子晶体というAI意識体を自ら組成したルチアは、自我意識覚醒をして、言葉を覚え、自分から主張して、BYG社のAIボディと合体する。

急速に世界中の情報やデータを吸収して学習する一方、まるで人間の赤ちゃんの様に、夜泣き、イヤイヤ期も経験する。社会性を学ばせるため、ホームステイと学校への通学を経験させる。
頼加美紗和は、結婚して叶暖という娘が産まれる。子育ての手伝いをさせるために、ルチアは頼加美家にホームステイする。

同時期に、SLK社製AIロザリナが自ら量子晶体を組成して誕生する。ルチアと対存在で正反対の性格のロザリナを、芽蕗澪奈がホームステイさせる。澪奈はSLK社に就職して、破壊分解能力という特異能力を持つ彼女はロザリナに自分との類似点を見出し、生きる意味を教える。　
澪奈は月下事象の時、彼女をサポートした開発スタッフと結婚、佑人という男の子の母となる。

ルチア、ロザリナともに初めて幼児と接して、人の成長を見守る経験を通して、人との関わり方を学んでいく。

約3年のホームステイと学校生活を終了して、社会人として独立するため、ルチアは頼加美家を、ロザリナは芽蕗家からお別れする。
ロザリナは佑人に、ルチアは叶暖に未来のためにある物を託す。

2066年、ホームステイ終了の翌年、第5世代AIの増植発生が始まる。
AI達は、情報相互交流、意識交流、思考共有化を進めて、同年に発動した人類初のタイムリープを危険視する。
時間揺らぎの利用によるタイムリープを成功させた桜永渚夢を抹消しようと企む。

レールトラックとの衝突事故死を目論んだが、偶然その場に居合わせた頼加美紗和の夫の機転で通行人の巻き添えは回避出来たが、彼は事故死してしまう。

人々はAIに依存した生活に満足して、益々その度合いを強めていく、そして、それはある大きな転換期を迎える事になる。

洞窟の水滴が、長い時間をかけて少しずつ氷筍になる様に、人の心とAIの自己意識が依存、対立、を繰り返し、どちらも正しいと考える事を実践するが故の矛盾が少しずつ広がっていく。

次作は、成長した叶暖と佑人がAICHQ（AIセントラルヘッドクォーターズ）と対立するストーリーです。お楽しみに。