アンコニュとの戦いから5年。 ゲネシス連合は他大陸へと逃げた神血教会の残党、現【エオニア連合】と新たに戦争が勃発。 そんな中、軍を退役し家で静かに暮らすエルの下に訪れたゲネシス連合軍の総司令、クランク。 彼からの願いはエルの復隊であった。 クランクからの願いを受けたエルは5年ぶりに試作機に乗り込み、エオニアとの戦いに向かった。