人類を否定・破壊しようとする《M》と、その《M》に対抗・破滅させる力を持つ唯一の者《Y》が互いに争い、死と再生を繰り返す世界で、《Y》の誕生をいち早く察知し、保護し、安全圏へと送り届ける役目を担う「《Y》の守人」と呼ばれる人たちがいた。 《M》への復讐を誓う新任の守人であるエフは、歴戦の兵士であるディーとともに生まれたばかりの《Y》の元へと急ぐ。 荒廃した世界で《Y》をめぐる探索と追走の果てにエフが知るものと選ぶ道とは。