西暦二×××年、世界中の偉人のクローンたちが通うセントクレイオ学園で、唯一の非クローンである神矢は「音楽の勉強がしたい」と願うマリ・キュリーのことを、学園の教師である父に相談。だがその直後、マリは「転校する」との言葉を残し学園を去ってしまった。一方、学園の先輩“クローン・ケネディ”が衆人環視のもと暗殺されて…