怪獣がいる世界の現代日本には、怪獣対策研究省（怪獣省）があって、怪獣災害対応統括官（統括）が現場の全権を指揮、命令する。 この話はそんな世界の現代日本で、怪獣が出現し、事態が収束するまでを描く。