石ノ森章太郎原作『変身忍者嵐』が現代によみがえる──!!　360年の眠りから目覚めた伝説の忍【ハヤテ】と【嵐】が姿を消した。彼らを追う指令を受けた烈とオボロだが、そこで対峙したのは記憶をなくしたハヤテだった。彼の過去とは、黒幕の陰謀とは、【嵐】とは……。現代の忍者を巻き込み、様々な思惑が動きはじめる！