突如現れた外来種〈IAS〉は、瞬く間に生物を喰い荒らした。自衛隊は甚大な被害を出しながらもイアスを対馬に封じ込め、その惨状を隠蔽する。生き残った対馬の少年玄はイアスに襲われて長崎に漂着したが、妹を救うため再び対馬を目指す。一方、玄を救った水陸機動団の草香江の元に現れたアメリカ国防局の沙村は、玄がイアスを殲滅する鍵になると主張し――。人類の存亡を賭けた戦いが幕を開ける。