マラッカ海峡は、昔から、海賊が跋扈(ばっこ)していたが、近年、その略奪行為は、狂暴化、大規模化してきた。背後に黒幕組織があると睨んだJSA(日本の防諜組織)は、どんな状況でも冷静で、最も戦闘能力の高い、草薙丈二を送り込んだ。丈二は海賊ルートを探るため、寝返ったふりをして、海賊島に乗り込み、黒幕と対面するが、そこで待っていたものは!?