50年以上続いた人魔大戦は、人類側の勝利によって幕が下された。 その後、世界では魔族迫害の動きが強まり、魔族たちは強い弾圧を受けていた。 帝都ジクスの地下では、闇に葬られた者たちが捕えられていた。その中の1人、主人公であり、人造人間（ホムンクルス）のジンは、人魔大戦を勝利に導いた存在。しかし、ホムンクルスは禁忌の存在であるが故に幽閉されてしまう。 弾圧に耐えかねた魔族が反乱を起こす時、その中に共にこの世界に流れついたはずのナギの姿を見つける。 そのホムンクルスは敵か？味方か