夕暮れ時、辺りが暗くなる時間に近年行方不明となる児童や生徒が続出している。警察や政府が調査をするも調査に向かって行った者も行方不明となってしまい、調査は打ち切られる。今は、夕暮れ時以降の外出は控えるように言われている。そんなある日、一ノ瀬蓮は廃墟となっている図書館に向かうのであった。