故郷を謎の生命体〈天使〉によって滅ぼされた少年・ミユキは、彼らと戦うために士官学校を卒業し、『魔導士』としての軍人生活を始める。しかし、まわりと上手く連携のとれないミユキは、特設技術試験部隊という新設の部隊への配属となってしまう。 そうして所属となった先の部隊で、ミユキは大切な幼馴染の少女・ユウキと五年ぶりの再会を果たす。 しかし。ミユキとユウキの間には、誰にも言えないある一つの秘密があった。