「最初は、指先にミルクがついているのかと思った」 建築事務所で働く青年・カケルの右小指に現れた、小さな白いシミ。それは、致死率100％、治療法なしの奇病『天使の菌糸（エンジェル・マイコ）』の感染宣告だった。 痛みも恐怖も麻痺させ、肉体を白く美しい「結晶」へと変えていくその病は、カケルから人間としての機能を一つずつ奪っていく。味覚が消え、指が欠け落ち、やがては記憶さえも――。 「あんたが石ころになっても、私が絶対に見つけてあげる」 恋人のマホは、絶望するカケルの手を取り、祖父が遺した日記を頼りに世界へと飛び出す。 カンボジアの遺跡、パリの地下墓地、水没するベネチア、そしてすべての元凶が眠るアマゾンの奥地へ。