地球上で密かに暗躍するエイリアン。 人間の脳神経を支配し、意のままに操り、世界を征服しようと目論んでいる。 この企みを一早く察知した日本政府は、エイリアンを『インベーダー』と呼称し、対策のために国連の支援を得て、防衛省宇宙作戦群に極秘部隊を組織した。 その部隊、＜GUARD＞はインベーダーを討つべく、人知れず戦っていたのである。 しかし、インベーダーの能力は日々進化し、予測値を上回った。 そしてついに、GUARDの本部施設が襲撃に遭い、部隊は壊滅されてしまったのだ。 唯一生き残ったのは、三人の若き隊員。 桜井隼介、宮野夏樹、武田亮である。 彼ら三人は、自らを『ブルーライトニング』と名乗り、インベーダーを相手に孤軍奮闘していく。