魔獣と言われる、生命体が出現し、人々の生活を脅かす世界。 閃也は優秀な守護者―魔獣因子を埋め込まれた者―であったが、異質な生い立ちとあまりにも巨大すぎる力を持つために政府に生殺与奪の権を握られ、秘密兵器『ドラグナー』として魔獣討伐に利用されていた。 蒼生は優秀な封魔師―魔術で魔獣を封印する者―であったが、パートナーである守護者がおらず、実戦に参加することが許されていなかった。 ある日、高レベル魔獣を討伐した閃也は独断で行動していた蒼生に正体をバレてしまう。 自分のパートナーにと、誘ってくる蒼生を笑う閃也。だがその予想に反し、閃也は上官命令で蒼生のパートナーとして魔獣討伐隊『軍』の一員として、魔獣の討伐を行うことになる。 不信感を感じながらも、閃也は同期の守護者や立場上の上官に当たる守護者と衝突をしながら、日々の任務に当たることになる。 その頃、世間では高レベル魔獣の異常発生が相次ぐ事態から、『災厄の魔獣』の再来が噂されるようになっていた。