小学五年生で、ある町に引っ越してきたばかりの匠（たくみ）は、山の中の古墳の近くで、夕子と名乗る女の子から手帳を渡される。そこには、なぜか最初から、『お化け捜査官　浜匠』と、自分の名前が書かれていた。色々と事情を知りたい匠だったが、風のように消えた夕子と名乗る女の子とは、音信が途絶えてしまう。 　その後、匠は、同じ、お化け捜査官の手帳を持つ、上野聡と出会う。二人は意気投合し、おばけ捜査官としての活動を開始した。お化け捜査官の活動とは、お化けに関する噂を調査し、それの審議を確かめると言うものだ。初めは、単なる遊びだったが、徐々に匠もその活動に夢中になっていく。 　お化け捜査官としての活動の中で、二人は、三つ目の手帳の持ち主である、山口ゆきと出会う。ゆきは、二人より一歳年下の小学四年生だった。ゆきは、一本杉の根本を掘っている時に、手帳が出てきたと言った。しかも、匠や聡の時と同じように最初から自分の名前が書いてあったと言う。こうして、手帳の謎はますます深まり、三人をますます夢中にさせていった。 　そんなある日、聡は、図書館で、『お化け捜査官の詩」という本を発見した。しかもその本の内容が自分達にそっくりであることに愕然とする。もしかして、予言の本なのか。三人は、その本の謎を確かめるために、本に書かれていた日時に、霧ヶ峰に向かった。本には、そこでＵＦＯに会えると書かれていたのだ。 　謎は謎として残されたまま、それから十年の月日が流れた。そして、大人になった彼らの前に、ついに全ての謎が明らかになる。