幼少の頃体験した大地震以来、佑真は奇妙な夢を見始める。夢の中では古の神々の姿やお告げのような声が聞こえる。特にある一柱の神様の力を宿している事を自覚し、制御不能な力と重圧によって引きこもるようになる。 幼なじみの零と深い知識を持つ神主の榊と島田が佑真の理解者となる。 神々の事を調べるため全国の神社を巡るが、謎が謎を呼ぶ。