元宇宙航海士、今はアルコール依存症の、人生に希望をなくした男、ゲイリー。彼は治療のため、遠い果ての星でのサナトリウムでの療養を強いられる。その航路の途中で、宇宙船にアクシデントが起こり、彼はひとり見知らぬ異星に不時着する。 そこで出逢った少女、ニーア。 彼女は異星の森の奥で、本に囲まれてひとり静かに暮らしていた。 ニーアは言う。「私はこの書架の番人」と……。 そしてゲイリーは彼女の正体が元人間のアンドロイドと知る。 それも、ニーアは数百年前に地球を旅立った、 人類最初の宇宙植民船「偉大なる開拓者号」の乗員だった。 ニーアとゲイリー、さらには彼女の存在を知った地球政府軍の3者の思惑は、 人類の宇宙開拓史と複雑に絡み合い物語を加速させていく……。