「ようこそ皆さん。楽園と監獄の世界、ネフェティアへ！」
この言葉から全てが始まった。
ネフェティア、人の存在よりも居住できる環境の方が先に整っていた謎の異世界。何も知らない１万人が突如送り込まれたその世界で、八神麻斗は若いながらも世界の運営に貢献し、ネフェティアで厳しくも充実した生活を送っていた。
猛獣の襲来、謎の疫病、様々な困難がネフェティアを襲う中、神隠し事件が世界に暗い影を落とす。それと平行して、同居人である桜が、所属する組織に拉致される事件も起きるなど、麻斗の周りで何かが変わろうとしていた。
そしてその事件をきっかけに、麻斗はネフェティアという世界の秘密を知ることになる。