はからずも海神ファスティトカロン帝国軍5000を全滅させてしまった次期世界樹候補に転生した朽木繁生ことクッキー。
　そのショックで引き篭もりになってしまう。

　しかし時は止まらない。

　カーキ=ツバタ王国で人質でありながら女王代行となったエルフのユーリは、国を守るためあえてクッキーの敵となり帝国と同盟を結ぶ。

　そして追放刑となったアンナ=カーキツバタ王女は、エルザ=クワハラ=カーキツバタ女王を救い国に戻るため、国教である女神教の信者20万を集める旅に出る。

世界樹転生第3部は、王女アンナが主役の物語です。（主人公はクッキーだよ）