長く続く戦争の中、帝国空軍のエースガンナーとして連邦空軍の敵を撃墜してきたソウタ･カシワギは、ある戦闘で敵――竜騎兵の少年を撃つことができず、除隊処分となってしまう。自らの行くべき方向に迷うソウタの前に現れたのは、<ドラゴンスレイヤー>――人に害為す<黒の竜>を狩る一団の船長と、竜騎兵の少女･シノだった。急かされるようにシノの操る竜に乗せられるソウタだが、目標を捉えたときに――。