ある日、『僕』こと黒原啓太は『樹海』という不思議のダンジョンに出入りできるようになる。 そのダンジョンは白河由紀という女の子に管理されており、そのうち啓太は現実世界でも由紀に出会うことになる。 由紀は『樹海』から解放される日を心待ちにしているのだが、はたして彼女はどのような経緯で一体何のためにそんなことをしているのか、どうすれば彼女を解放してあげることができるのか。 知るにつれ、啓太は由紀を『樹海』から解放させようと試みるようになっていく、というお話。