地球生まれの少女キノ・エースターは、木星第4居住地区・カリスト星区で暮らしていた。しかし〈聖女〉の観測によって予測された天災に巻き込まれ、氷河の海へと沈みかける。 　時を同じくして、カリスト星区の難民キャンプで生活していたもう一人の少女もまた、 同じ天災により命の危機に瀕していた。 二人の少女の祈りに、 世界樹〈ユグドラシル〉は応える──。 世界樹から生み出された〈加護〉（アミュレット）は、前人類の遺物・人型外骨格戦器〈ヴァルキュリー〉を目醒めさせる。 〈ヴァルキュリー〉に選ばれた二人は、 片やパイロットとして、片やプリンセスコアとして、星間前線防衛隊ヴァルキュリーに所属することとなる──。 果てしない宇宙で繰り広げられる 星間少女戦記〈ヴァルキュリア・スペース・オペラ〉、 此処に開幕。