日本人が自然への感謝と信仰を忘れたとき、古より米の一粒一粒にさえ宿っていた八百万の神々は腐り始めた。 開発による自然の破壊、廃神社の増加、そしてSNSでの冒涜行為。 行き場を失った神々は異形の怪物「骸柱（ガイチュウ）」へと変貌し、人々に厄災を振りまくようになった。 不自然な事故に事件や災害が頻発する現代。 神社の神主の一人娘・神代澪（高校2年生）は、信仰など持たず、ただお小遣い稼ぎに巫女アルバイトをしていた。 そんな彼女が、ある夜、小さな廃神社で骸柱の襲撃に遭遇する。 幼馴染を守るため無意識に目覚めた力、それは、神、骸柱を認知し干渉する眼だった。 信仰を信じない少女が、堕ちた神々を浄化し、封印し、時には討伐する。 八百万の骸柱が蠢く日本で、彼女の戦いが今、始まる。