時ははるか未来。人類が宇宙へと進出し、多くの星々を開拓する大銀河開拓時代。 　人類は宇宙人側との共存の道を選んだ《アースノイド連合》と、人類一強の時代を作り上げ異星人たちを奴隷として支配下に置こうとする《タキオン帝国》の二大派閥に分かれ、宇宙の覇権を巡り戦争を繰り広げていた。 　そんななか、戦争によって放棄された宇宙遺跡から発見された宝石が、新たな兵器として注目され始めていた。 　その宝石の名はパーティクルノイド――《粒子人間》。そう、この宝石は高度な自我と莫大な特殊粒子をその身に宿す、鉱石生命体だった。 　彼らは己の身に宿す粒子を自在に操り、エネルギーにも物質にも変換することができた。その性質に目を付けた帝国は彼らをエネルギー源として奴隷化。宝石状態で休眠する彼らを機械によって支配下に置き、その粒子を搾り取っていた。 　それに対抗しようと、仲間の危機を察知し休眠状態から目覚めた幾人かのパーティクルノイドが、粒子を変換し作り上げる巨大な機械兵器――《粒子機装》に騎乗し、連合の兵士となって戦争に参戦。 　お手軽に機動兵器やエネルギーを供給できるパーティクルノイドたちの出現により、戦争はさらに激化。多くの星々を巻き込む大戦乱は、さらなる混沌を極めつつあった。