前作から三年後。 　現代へ帰還した半田と矢田は、ＣＩＡに復帰しその能力を活かし超常現象を専門とした特別捜査官として活躍していた。 　ある日、世界中で歴史に名を残す英雄達の墓が暴かれ、遺体が盗み出されるという事件が続発し、半田達はその捜査を担当する。 　そんな時、太平洋の無人島で演習中だったアメリカ陸軍1個中隊が何者かに襲撃され壊滅するという事件が起こる。 生存者は、「侍一人にやられた」と語る。 　現代を舞台に、あの男の意思を継いだ恐るべき天才の野望に半田達は巻き込まれていく。