2052年の東京に暮らす少女、めぐみは、ある超人が街に混乱をもたらしたことで、人生が一変する。その存在は秘密「クリサリス計画」によるものだった。科学者たちは、古代文明が残した力の遺物を用いて、若い少年少女に特別な能力を移植していた。代わりに力を得た者は、その代償として自分の一部を失い、存在の意味に疑問を抱く。 少女の一人、セイリーは、逃亡中の危険な同類を見つける任務を負う。やがて、めぐみとセイリーの運命は、良きにつけ悪しきにつけ交錯し、二人は人間の生の意味について問い始める。