2185年、世界政府は長年にわたり新興宗教団体《ユービル教団》と水面下で協力関係を結び、政治・経済・宇宙開発分野で便宜を図ってきた。 教団は資金と世論操作を、政府は研究施設と情報を――互いに利用し合う関係だった。 だが内部告発により癒着は露見し、世界政府は教団を切り捨てる。 ユービル教団は非合法組織として解体され、指導部は追放、残党は地下へと潜った。 しかし、それで終わりではなかった。 教団はすでに独自のルートで地球外知的生命体との接触を試みていた。 彼らが宇宙へ向けて送った電波は、単なる怪電波ではない。 『地球は環境が安定し、資源に富む優良な惑星である』 『現地文明は分裂しており、軍事的統治は容易である』 『内部協力者が存在し、占領後の支配体制構築を支援できる』 この情報は、高度な科学力と植民政策を持つ宇宙国家〈謎の帝国〉に捕捉される。 帝国は地球を新たな植民候補として認定し、侵攻計画を開始する。 やがて、地球圏外で正体不明の艦隊活動が確認された。 既存の航空・宇宙戦力では太刀打ちできない技術差を前に、人類は悟る。 ――これは、地球外生命体との初接触なのだと。 この未曾有の事態を受け、世界政府は長らく封印されてきた最終手段の発動を決定した。 既存戦力では抗し得ない脅威に対抗すべく、人型戦闘兵器の実戦投入を前提とした極秘計画――プロジェクト・イージス（PROJECT AEGIS）が、正式に始動する。 一方その裏で、ユービル教団は帝国に協力を続けていた。 地球の軍事情報、政治構造、反抗勢力の動向。 教団の目的は帝国の支配下で、地球を内側から支配することだった。