イッシュ地方を舞台に新たな戦いが始まる! 新たな伝説のポケモン「ブラックキュレム」「ホワイトキュレム」を目指して、新人ポケモントレーナー「アラタ」の冒険が幕を開ける。ミジュマルと一緒に旅に出たアラタは、名前を聞いたこともないポケモン「ゲノセクト」の噂を耳にし…