七年前に光輝帝国が滅亡した後、最後の王子であるゼニス・クレストは、新皇国フリギアが運営する極光騎士学院で、神躯機装（しんくきそう）の雑用係としての日々を送っていた。

神躯機装とは、騎士の魔力と意思によって駆動する、人型の巨大魔導兵器である。最新鋭の魔導炉をコアとし、装甲と武装に魔力を注ぎ込むことで、人類の希望たる力を発揮する、この皇国が誇る技術の結晶だった。

彼が唯一持つ神躯機装『天焔ノ残光』は、武装が一切なく、ただ圧倒的な速度と熱量のみに特化した異形の機体であり、学院では「無力」の烙印を押されていた。

ゼニスは、現皇帝の姪であり、学院の頂点に立つ完璧なエリート、ユキナ・フリギアから監視と軽蔑を受けながらも、孤独に耐えていた。

しかし、学院を襲った異界種の危機において、ゼニスは無許可で『天焔』を駆り、武装なき「熱量放出」によってユキナの妹・リアを救出。

その行動は、彼の秘めた力と、彼の過去への疑念を学院中に広めることになる。