VRゲームで不敗を誇った伝説のプレイヤー「NOA」こと瀬田紀彰。 とある理由から実戦兵器に乗れなくなった彼は横須賀学園基地「整備科」に入学し、無為な日々を過ごす……はずだった。 「貴様のようなスクラップでも、軍には遊ばせておく余裕などない」 悪魔のような教官・羽柴実によって与えられた任務は、 非人道的な計画で作られた人間兵器：コードΦの教官役となること。 「貴様がやらんなら、あれが無様に死ぬだけだ」 「やりますよ、クソッタレが」 これは、空を奪われた天才と、望まぬ力を持った少女による物語。