攫われたマリー達を救うため、W.I.S.E首都攻撃の作戦を練るアゲハ達。新たな力を求めアゲハと雨宮は「ノヴァ」の修業を始める。そして、飛龍達とエルモア・ウッドは二手に別れ、W.I.S.Eへの攻撃を開始する!!