全てを失った少年―黒石黒斗は、自らの故郷だった場所を彷徨う。建物も瓦礫の山と化したこの場所で研究所だけはまだ生きていた。そこで1人の少女と異世界へと繋がる扉が無数にあるのを見つける。 少女の両親を探すために少年は異世界を旅する事を決意した。