〔クレギオン3〕麻薬原料の密輸を潔しとせず代金を騙し取ったのが、ミリガン運送とマフィアのクレメント・ファミリーの因縁の始まりだった。ロイドらが逃げこんだのは原始星系アンクス。しかし新たな仕事を請け負い、無数の彗星がめぐる航路を進むアルフェッカ号に、宇宙海賊の船影とマフィアの捜索の網が迫る。